环孢素的不良反应通常与剂量相关，降低剂量即可减轻。不良反应发生的范围通常在所有适应症的患者中相同，但严重程度和发生频率存在差异。由于器官移植受者的起始剂量较高，应用时间较长，故相比其它适应症患者，在他们中发生不良反应的机会较多且较严重。在移植受者和葡萄膜炎和肾病综合征患者中应用环孢素时，重要的安全性方法是使用特异的单克隆抗体测定环孢素的全血浓度。（参见移植受者的剂量）。肾脏在治疗的最初几周内可以出现血浆肌酐和尿素氮水平的增高，这是最常见和最严重的不良反应。这些肾脏功能的改变是剂量依赖性的并且是可逆的，当剂量减少时，会恢复。因为存在肾脏衰竭的危险性，因此在使用本品时要密切检测肾脏功能。长期使用的肾移植患者，环孢素可以导致肾脏的结构性改变（如间质纤维化），这需要与慢性排斥反应相鉴别。在一些病人中，环孢素诱导的肾脏功能紊乱会被同时出现的肾病综合征的症状和体征掩盖。因此，少数患者虽然出现了肾脏结构的改变但是却没有明显的血肌酐水平的增高。所以，在长期（如超过一年）应用环孢素的肾病综合征的患者，推荐进行肾活检。心血管系统常见：动脉高血压因此在使用本品时要定期检测血压，根据需要选择监测的方法。罕见：缺血性心脏病神经系统和感觉器官常见：震颤，无力，头痛，下身感觉消失特别是手足的烧灼感（通常在治疗的第一周）。少见：抽搐罕见：运动神经元病，不同程度的脑病：意识模糊，意识障碍（有时昏迷），视听障碍，运动失调，皮质盲，耳聋，瘫痪（偏瘫，四肢瘫），共济失调，激越和睡眠障碍。个案报告：视力损害伴乳头水肿，也可继发于脑部的假性肿瘤（良性颅内高压 BIH）。如果出现 BIH 症状，需要检查病人。确认诊断后，要减少剂量，必要时停药以防出现永久性视力伤害。肝脏和胃肠道常见：齿龈增生，胃肠功能紊乱（食欲减退、恶心、呕吐、腹痛、胃炎、胃肠炎）。少见：胃溃疡罕见：胰腺炎个案报告：结肠炎本品可以导致剂量相关性的，可逆的血浆胆红素和肝酶的明显的升高，需要减药。应该密切监测肝脏功能以防肝功能衰竭。代谢/生化（也可参见“肾脏”和“肝和胃肠道”部分）常见：轻度的可逆的血酯升高，特别是合并糖皮质激素使用时；因此，建议在开始治疗前后一个月的时候测定血脂水平，必要时减少剂量或改为低脂饮食。少见：体重增加，高血糖，高尿酸，痛风，高血钾的发生或加重，低镁血症。在肾功能明显改变的患者建议监测血钾浓度。低镁血症也是肾（小管）功能紊乱的表现。在围手术期和出现神经系统症状时，要监测血镁浓度，必要时补充。皮肤常见：多毛少见：痤疮、皮疹、过敏样皮肤反应罕见：红斑，瘙痒肌肉骨骼系统罕见：痉挛，疼痛和/或肌无力血液少见：贫血罕见：白细胞减少个案报告：血小板减少伴微血管性溶血性贫血和肾脏衰竭（溶血尿毒综合症）。免疫系统和其他免疫抑制剂一样，本品可以增加淋巴细胞增生性疾病和恶性肿瘤的发生率（特别是皮肤）。发生的频率取决于免疫抑制剂的程度和持续的时间，而与免疫抑制剂的种类无关。长期使用本品的病人应该密切监测，特别是合用几种大剂量免疫抑制剂时。因为这样有可能导致严重的淋巴增生性疾病和实体瘤，可能使得预后很差。在一些银屑病的患者中使用环孢素会出现良性的淋巴增生性疾病和 B 细胞 T 细胞淋巴瘤，立即停药即可消失。和其他免疫抑制剂一样，在使用本品治疗的过程中，细菌，寄生虫，病毒和真菌感染的发生危险增加，常为机会病原体。由于这种感染证明为致命的，因此，需要相应的预防和治疗措施。这在几种免疫抑制剂药物合并长期使用的时候尤为重要。其他少见：水肿，可逆性的月经失调，停经。个别葡萄膜炎患者发生眼和其它部位的出血。罕见：高热，男子女性型乳房，潮热。
